Bungie a clarifié la structure narrative de Marathon, précisant que l'histoire est prévue sur plusieurs années, mais évoluera de manière flexible. La directrice créative, Julia Nardin, a souligné que si l'équipe a une direction claire pour les années à venir, le développement restera volontairement ouvert. Les joueurs pourront influencer l'intrigue grâce à leurs retours, notamment dans le cadre d'un modèle de jeu en tant que service. Chaque nouvelle saison constituera un point d'entrée, permettant aux nouveaux joueurs de rejoindre l'histoire de Tau Ceti IV à tout moment.