Koei Tecmo et le producteur Kohei Shibata ont confirmé que Nioh 3 proposera un niveau de difficulté supplémentaire, débloqué après avoir terminé le jeu principal. Comme ses prédécesseurs, ce jeu de rôle d'action propose une seconde partie avec des défis accrus. Shibata a expliqué que cette forme de partie prolongée est devenue partie intégrante de la série.

Le concept est similaire au célèbre mode « Nouvelle Partie Plus » de jeux d'action similaires : les joueurs conservent leur équipement, leurs armes et leur progression, mais affrontent des adversaires plus coriaces. Les précédents opus de la série proposaient du contenu supplémentaire dans ces modes de jeu étendus, comme le rare « Équipement Divin ». Il n'a pas encore été décidé si Nioh 3 proposera plusieurs niveaux de difficulté dès son lancement ou ultérieurement.